Monseñor Alonso Arteaga Yepez (+), siendo Obispo de la Diócesis de Ipiales, en el año 1966 toma la iniciativa de construir e instituir el seminario conciliar de Ipiales que reemplazará al entonces al seminario menor nuestra Señora de Las Lajas ubicado en el corregimiento de Las Lajas.

El 22 de Junio de 1966 se hace la celebración de la colocación de la primera piedra y se inicia una serie de actividades en todas las parroquias de la Diócesis en orden a buscar los recursos para la construcción de la planta física del seminario conciliar. El 27 de Mayo de 1971 se realiza la ceremonia de bendición e inauguración del nuevo seminario y se inicia las inscripciones de estudiantes. Con resolución 166 de 1971 se concedió licencia de funcionamiento como establecimiento educativo y el 8 de Septiembre de 1971 se iniciaron labores académicas con 208 estudiantes siendo rector el Pbro. Euler Eugenia Rosero Herrera quien dirigió el establecimiento hasta el año 1973. Mediante resolución No 0332 del 29 de Enero de 1973 se aprueban los estudios de bachillerato por parte del Ministerio de Educación Nacional. Por sistema de comodato la Diócesis de Ipiales facilita las instalaciones físicas del Seminario al Ministerio de Educación para la prestación del servicio educativo hasta el 31 de Agosto de 1996 y a partir de Enero de 1997 el Ministerio de educación a través del Fondo Educativo Regional de la Secretaría de Educación Departamental y posteriormente al certificado en Educación el Municipio de Ipiales la secretaria de educación municipal pagarán arrendo por las instalaciones físicas.

El 19 de Noviembre de 2010 la administración del Municipio de Ipiales liderada por su alcalde Gustavo Estupiñan compra un lote aledaño a donde funciona la Institución Educativa en orden a la construcción de la planta física en propiedad. El 15 de Diciembre de 2010 se realiza la celebración de la colocación de la primera piedra. El 22 de Octubre de 2012 el fondo financiero de proyectos de desarrollo (FONADE), con recursos del Ministerio de educación Nacional y del Municipio de Ipiales hace entrega del primer bloque de siete aulas y una batería sanitaria. En Agosto de 2012 nuevamente el Ministerio de educación interviene a favor de esta Institución realizando la Licitación para la construcción de un nuevo bloque de nueve aulas, dos baterías sanitarias, un laboratorio y un comedor a través de la gerencia de la Organización Internacional para las Migraciones OIM. El 23 de Septiembre de 2013 se celebra la bendición de este bloque de aulas en el contexto de la celebración de las fiestas patronales de la Institución.